O Sistema de Ensino Mackenzie fundamenta sua proposta pedagógica em uma visão de mundo cristã, compreendendo o conhecimento como parte da criação de Deus e integrando fé, saber e vida. O processo de ensino-aprendizagem é centrado no aluno e organizado de forma cognitivo-interacionista, partindo da linguagem comum (tema), avançando para a análise, a sistematização do conhecimento científico e a avaliação reflexiva. Essa abordagem busca promover uma aprendizagem significativa, em que o aluno compreende, relaciona e aplica os conceitos, desenvolvendo pensamento crítico, responsabilidade e formação integral.